Ｑ． 前のバージョンで作成したアプリケーションを新しいバージョンで開き、ビルドすると、 "不正なSMCです。･･･Hit Any Key"というエラーが出る。

「全てのフォームを開く」および「全てのフォームを保存する」を行なっている。

Ａ． 新しいバージョンで書き出されていないフォームが残っていると思われます。
「全てのフォームを開く」、「全てのフォームを保存する」は数に制限があり、フォーム数が多い時漏れてしまう場合がありますので、個別にフォームを開いて上書きしてみてください。